Históricamente, los orígenes de Santa Juana se encuentran enmarcados en la resistencia araucana a la colonización española al estar emplazada en el valle de Catirai. Don Luis Fernández de Córdoba y Arce la fundó el 8 de marzo de 1626 con el nombre de Santa Juana de Guadalcázar.

El Valle del Catirai, donde se ubica Santa Juana de Guadalcázar, es lugar de historia y de leyendas. De historia, porque importantes hechos de armas se desarrollaron allí desde los albores de la conquista; de leyendas porque la tradición ha conservado narraciones de siglos. La historia relata que Pedro de Valdivia llegó a Catirai en 1550, acompañado de Jerónimo de Alderete y cincuenta jinetes, cruzando el Bío-Bío por Talcamávida. De ahí en adelante siguieron sus otros viajes al sur para fundar la Imperial Antigua y la ciudad de Valdivia. Después, Tucapel, en diciembre de 1553, donde el siguiente año encontró la muerte.

Antonio Gil y Gonzaga pidió al Rey de España el título honorífico de Villa para Santa Juana, el que le fue otorgado en 1765. En enero de 1891 fue creada comuna y su actual Municipalidad fue creada el 13 de enero de 1891. En la Municipalidad de Santa Juana se conserva casi intacto un valioso documento histórico para la ciudad: es el libro de acuerdos (actas) de la primera Municipalidad o Cabildo compuesto por 7 regidores, elegidos por votación directa de los habitantes de sus respectivas “Parroquias”. En los actos electorales de 1852, realizados en los días 16 y 17 de mayo, resultaron electas las siguientes personas: Don José María Avello (Abelló), Don Juan Ancelmo Ríos, Don Celestino Venavente (tex.), Don José Manuel Ulloa, Don Juan José Neira, Don Manuel del Campo y Don Andrés Campos. Todos estos apellidos se conservan en la comuna.